A Assembléia elegeu, também, a nova coordenação nacional da CPT para o próximo triênio, 2009 a 2011. Foram eleitos: Dom Ladislau Biernaski, bispo de São José dos Pinhais (PR), como presidente; Dom Enemésio Lazzaris, bispo de Balsas (MA), como vice-presidente; como coordenadores nacionais foram reeleitos padre Dirceu Fumagalli, padre Hermínio Canova e Lucimere Leão, e eleitos Flávio Lazzarin, Edmundo Rodrigues e Isolete Wichinieski; já como coordenadores suplentes foram eleitos Jane Souza e Luciano Bernardi. Dom Tomás Balduino, um dos fundadores da CPT, permanece como conselheiro permanente da entidade.
Assumindo o compromisso de se reavaliar e reafirmando as suas ações de base e a sua aliança com todos que lutam para permanecer na terra ou conquistar a terra que nunca tiveram, a CPT divulgou, ao final de sua XXI Assembléia Geral, uma Carta Aberta à sociedade com as suas prioridades e lutas para esse ano.